后调北京，授陆军中将，成为湖北将军团首要，并任首义同志会理事会主席。病逝后，重庆国民政府追赠陆军上将。吴兆麟是黎元洪的学生，所以在起义群龙无首之际，他力主不要杀清军的协统黎元洪，反而动员参与起义的下级军官公推黎元洪为首任湖北大都督。他也是把黎元洪推上武昌起义领导人的主要人物。